Từ đường nhựa đi vào chân núi khoảng vài trăm mét, du khách sẽ gặp hàng cột được trang trí công phu mở lối bước lên những bậc đá dẫn đến chùa. Lối đi quanh co theo sườn núi được tạo bởi hàng ngàn bậc đá này có từ hơn ba thế kỉ trước. Đường lên chùa vẫn còn nguyên vẻ tự nhiên, cỏ cây, hoa dại mọc chen giữa đá, đâu đó thoang thoảng mùi hoa dẻ thật dễ chịu. Đi hết khoảng hơn một trăm bậc đá sẽ thấy ngôi chùa nằm ở độ cao khoảng 400 mét so với mực nước biển hiện ra. Thật lạ là giữa lưng chừng núi lại có một khoảng đất khá rộng và rất bằng phẳng, đủ để xây một ngôi chùa lớn. Theo sách cũ, năm 1702, Thiền sư Tịnh Giác đến núi này tu hành. Vị cao tăng dựng một mái chùa bằng cỏ tranh, sống một mình trên núi, thỉnh thoảng mới xuống chân núi thôn xóm chữa bệnh cho dân làng. Thấy nhà sư dùng vỏ cây làm áo quần, nên nhân dân quanh vùng gọi ổng là Mộc Y Sơn Ông. Năm 1733, chúa Nguyễn Phước Chú ra chỉ dụ cho quan lại địa phương dựng chùa bằng gỗ lợp ngói, đổi tên là Linh Phong Thiền tự. Thượng thư bộ Công là Đào Tấn cũng đã bỏ ra một số lớn tiền của tu bổ lại chùa và làm thơ ca ngợi cảnh đẹp nơi này. Ở Huế, Đào Tấn thuê thợ lập hòn non bộ trong phủ đệ của mình, trên đó đắp chùa khắc hai chữ Linh Phong (hòn non bộ này hiện còn ở trong khuôn viên chùa Thiên Mụ). Chùa Ông Núi cũng được sách “Đại Nam nhất thống chí” tôn vinh: “Chùa dựa lưng vào núi cao, mặt trông ra đầm biển cạn, xung quanh có nước suối lượn quanh, phong cảnh rất đẹp”.
Năm 1965, bom đạn chiến tranh đã tàn phá ngôi chùa, chỉ còn lại hang Tổ và dòng suối. Ngôi chùa được xây dựng lại sau năm 1975 đàng hoàng hơn, to đẹp hơn. Khuôn viên chùa toả mát tán mít, phượng, bàng. Rất nhiều liễu và trăm loài hoa được trồng chung quanh hồ nước trước chính điện. Hoa đẹp, hoa quý dâng hương ngào ngạt, phô sắc rực rỡ bốn mùa.
Cảnh quan chùa Ông Núi vô cùng hấp dẫn. Đứng từ cổng chùa, nhìn ra xa thấy đầm Thị Nại trong xanh vờn sóng bạc nhấp nhô. Gần chân núi là những xóm thôn mái ngói nâu nổi bật giữa đồng lúa xanh rì. Dòng sông Chúa uốn lượn lung linh trong nắng, chạy dọc theo bờ biển, tung bọt sóng trắng xoá.
Phía sau chùa có nhiều tháp cổ xen giữa đá núi và những cây rừng cổ thụ. Đây là nơi an nghỉ của tăng ni hàng trăm năm về trước. Leo cao dần lên vách núi, du khách sẽ lần đến các hang đá có am thờ Phật lúc nào cũng ngào ngạt hương trầm toả khói. Có một số hang đá rất rộng, chứa được hàng ngàn quân thời chiến. Hang động núi Bà vẫn còn đó nhiều bí mật với du khách hành hương.
Đến thăm chùa Ông Núi, thắp một nén hương lên bàn thờ Phật, du khách bước lần xuống cổng chùa mà cảm thấy lòng thanh thản lạ. Trong bóng chiều vàng Bình Định, hình ảnh tượng Mộc Y Sơn Ông và tiếng chuông chùa từ vách núi ngân buông như dẫn hồn ta vào cõi mộng.